우리 혈액 중에서 혈액을 잘 굳지 않게하는 중요한 물질인 헤파린이 부족할 경우, 끈끈한 혈액이 뭉쳐 혈전을 생성해 우리 몸의 혈관을 돌아다니다가 탄력이 떨어지거나 가늘어진 부위에서 막히게 되면, 뇌졸증 , 심근경색, 협심증 등의 치명적인 허혈성 질환을 일으키게 된다. 반대로, 헤파린이 충분히 많은 경우에는 혈액의 점도가 낮아져 혈액의 순환이 원활하게 되어 혈압이 낮아진다. 
이 헤파린은 그 구조가 후코이단과 유사한 황산화 다당류이다. 지금까지의 연구에 따라 밝혀진 바에 따르면 후코이단은 헤파린과 동등하거나 보다 강력한 혈전 억제 작용을 가진 것으로 파악되고 있다. 특히 스톡홀름의대 외과 연구진에 따르면, 후코이단은 황산화 다당류로서 헤파린과 유사한 기능을 한 뿐 아니라 혈전 생성을 방지하는 또 다른 물질인 안티트롬빈-3을 활성화시키는 작용까지 가지고 있다는 것이다.
이러한 후코이단의 효과는 결과적으로 고혈압 예방 뿐 아니라 다양한 허혈성 질환의 치료제로서의 가능성을 보여준다. 뇌졸증, 심근경색, 지체마비, 협심증 등의 허혈성 질환을 개선하기 위한 목적으로 후코이단 활용을 위한 연구가 현재 활발하게 진행 중에 있다. 
또 후코이단을 구성하는 분자의 20%에 글루크로산과 F-후코이단이 함유 되어 있다. 이 두 가지 성분은 콜레스테롤 저하에 뛰어 나는 효능이 있어, 체내에 너무 많은 콜레스테롤이 쌓이지 않도록 하여, 혈액을 맑게 해준다. 

*Cui W, Zheng Y, et al.
Low-molecular-weight fucoidan protects endothelial function and ameliorates basal hypertension in diabetic Goto-Kakizaki rats. [후코이단이 내피기능을 보호하고 고혈압을 개선한다.]
Lab Invest. 2014 Apr;94(4):382-93.

**Pomin VH, et al.
Selective cleavage and anticoagulant activity of a sulfated fucan: stereospecific removal of a 2-sulfate ester from the polysaccharide by mild acid hydrolysis, preparation of oligosaccharides, and heparin cofacotr II-dependent anticoagulant activity. [후코이단의 항응고 활성]
Glycobiology, 2005 Apr;15(4):369-81